扁桃体炎可能遗留慢性扁桃体炎、阻塞性睡眠呼吸暂停、扁桃体周围脓肿、风湿热等后遗症，严重程度从局部炎症扩散至全身系统损害。
急性炎症反复发作可导致扁桃体隐窝内细菌持续存在，表现为长期咽部异物感，可通过低温等离子消融术治疗。
增生肥大的扁桃体会阻塞上气道，引发夜间打鼾和血氧下降，儿童可能出现腺样体面容，需考虑扁桃体切除术。
炎症扩散至周围间隙可能形成脓肿，伴随剧烈咽痛和张口困难，需穿刺引流并静脉注射头孢曲松等抗生素。
链球菌感染可能诱发风湿性关节炎或肾炎，与免疫交叉反应有关，需长期使用苄星青霉素预防复发。
出现持续低热或关节肿痛应及时排查链球菌感染，恢复期保持口腔清洁并避免辛辣食物刺激。
