附睾囊肿通常无须药物治疗，若合并感染或疼痛可遵医嘱使用头孢克肟、左氧氟沙星、布洛芬等药物。
细菌感染引起的附睾囊肿可选用头孢克肟、左氧氟沙星、阿奇霉素等广谱抗生素，需通过尿培养确定致病菌后针对性用药。
疼痛明显时可短期使用非甾体抗炎药如布洛芬、对乙酰氨基酚、塞来昔布，但需排除睾丸扭转等急腹症。
癃清片、热淋清颗粒、三金片等中成药可能有助于缓解尿路刺激症状，但缺乏循证医学证据支持。
反复感染或囊肿直径超过3厘米者可考虑附睾囊肿切除术，需由泌尿外科评估手术指征。
无症状附睾囊肿建议定期超声复查，避免剧烈运动导致囊肿破裂，合并血精或生育问题需及时就诊。
