真菌性关节炎多数情况下可以治愈，治疗难度主要与感染真菌种类、病程长短、基础疾病等因素有关，需通过抗真菌药物、关节引流、手术清创等综合治疗。
两性霉素B、氟康唑、伊曲康唑等抗真菌药物是核心治疗手段，疗程通常需要数月，严重感染需静脉给药联合局部关节腔注射。
关节腔积液较多时需穿刺引流，降低关节内压力并清除真菌负荷，必要时可重复进行，同时送检培养明确病原体。
晚期出现骨质破坏或保守治疗无效时，需行关节镜清创或开放手术，清除坏死组织并重建关节功能。
合并糖尿病、免疫抑制等基础疾病者需同步治疗，血糖控制不佳或长期使用免疫抑制剂会显著影响预后。
治疗期间应避免关节负重，加强营养摄入，定期监测肝肾功能及药物浓度，免疫功能低下患者需延长随访周期。
