病毒性角膜炎可遵医嘱使用更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦眼膏、干扰素α滴眼液等抗病毒药物，严重者需联合口服伐昔洛韦或静脉注射更昔洛韦治疗。
更昔洛韦滴眼液能抑制疱疹病毒DNA复制，适用于单纯疱疹性角膜炎，使用时可能出现短暂灼烧感，需冷藏保存。
阿昔洛韦眼膏通过干扰病毒DNA聚合酶发挥作用，对树枝状角膜炎效果显著，膏状剂型可延长药物角膜停留时间。
干扰素α滴眼液具有广谱抗病毒作用，适用于腺病毒性角膜炎，可能引起结膜充血等局部刺激反应。
严重角膜基质炎需联合口服伐昔洛韦，合并虹膜睫状体炎时可能需静脉注射更昔洛韦增强疗效。
治疗期间应避免揉眼，佩戴太阳镜减少光刺激，保持眼部清洁，定期复查角膜愈合情况。
