干燥综合征严重时可能引发角膜溃疡、间质性肺炎、肾小管酸中毒、淋巴瘤等并发症，疾病进展通常从外分泌腺损伤逐渐累及多系统。
严重干眼症可导致角膜上皮脱落甚至溃疡，可能与泪腺破坏导致泪液分泌不足有关，需使用人工泪液、环孢素滴眼液或自体血清滴眼液。
肺间质纤维化是常见并发症，与淋巴细胞浸润肺泡间隔相关，表现为干咳和活动后气促，需使用糖皮质激素联合硫唑嘌呤治疗。
远端肾小管酸中毒可导致低钾血症和肾结石，与自身抗体攻击肾小管有关，需补充枸橼酸钾及使用羟氯喹控制原发病。
持续淋巴细胞浸润可能进展为黏膜相关淋巴组织淋巴瘤，表现为唾液腺持续肿大，需进行利妥昔单抗治疗或局部放疗。
定期监测抗SSA/SSB抗体滴度及唾液腺超声，保持环境湿度适宜，避免服用加重口干症状的抗胆碱能药物。
