豆芽营养最高的部位是胚芽部分，富含维生素C、B族维生素及多种矿物质。豆芽不同部位的营养成分分布存在差异，整体食用可最大化吸收营养。
豆芽的胚芽位于豆粒与茎连接处，是种子萌发时能量转化的核心区域。胚芽集中了豆类大部分活性物质，每100克黄豆芽胚芽含维生素C约20毫克，高于茎部3倍以上，同时含有丰富的维生素B1、B2及锌、铁等微量元素。胚芽中的大豆异黄酮和皂苷具有抗氧化作用，但高温长时间烹饪可能导致部分水溶性维生素流失。
豆芽茎部主要提供膳食纤维和水分，每100克绿豆芽茎含膳食纤维约1.5克，能促进胃肠蠕动。茎部在95％以上为水分，虽然维生素含量低于胚芽，但脆嫩口感来自茎部细胞壁的果胶物质，适合需要控制热量摄入的人群食用。
未完全退化的豆粒含有较多蛋白质和碳水化合物，黄豆芽豆粒部分蛋白质含量可达5克/100克，但发芽过程中部分蛋白质已分解为氨基酸。豆粒中的胰蛋白酶抑制剂会随发芽过程减少，使其更易消化，但口感较硬，胃肠功能较弱者建议充分烹煮。
豆芽根须常被丢弃，实际含有较多多酚类物质和微量元素。研究发现绿豆芽根须的抗氧化能力是茎部的2倍，但可能吸附培育介质中的杂质，家庭自发豆芽时保留根须需确保培育环境清洁，市售豆芽建议切除根部后食用。
完整食用豆芽能兼顾各部位营养优势，胚芽提供活性成分，茎部补充水分和纤维，豆粒贡献蛋白质。凉拌可最大限度保存维生素C，快炒或焯水能软化纤维素，适合老人儿童。紫甘蓝、胡萝卜等富含维生素E的食材与豆芽搭配，可促进脂溶性营养素吸收。
建议选择芽长3-5厘米的豆芽，此时营养转化最充分。自发豆芽需每日换水避免霉变，市售豆芽浸泡10分钟可去除部分保鲜剂。肾功能异常者需控制豆芽摄入量，其较高钾含量可能增加代谢负担。日常可将豆芽与菌菇、豆腐等搭配，均衡补充植物蛋白和矿物质。
