单纯疱疹病毒主要存在于感染者的皮肤黏膜病灶、唾液、生殖道分泌物以及神经节中。单纯疱疹病毒1型常潜伏在三叉神经节，单纯疱疹病毒2型多潜伏在骶神经节。
单纯疱疹病毒在活动期感染时，可在口唇、生殖器等部位的疱疹液或溃疡面检出大量病毒颗粒。水疱破溃后释放的液体具有高度传染性，直接接触可能导致病毒传播。患者需避免搔抓皮损，接触病灶后应彻底洗手。
单纯疱疹病毒1型可通过唾液传播，尤其在感染者出现口腔疱疹或无症状排毒期。共用餐具、接吻等行为可能造成传染。婴幼儿接触携带病毒的成人唾液后易发生原发性龈口炎。
单纯疱疹病毒2型主要存在于生殖器疱疹患者的阴道分泌物、精液中。性接触传播是主要感染途径，孕妇分娩时可能通过产道传染给新生儿。安全套不能完全阻断病毒传播。
病毒初次感染后会沿感觉神经迁移至神经节形成潜伏感染。单纯疱疹病毒1型多潜伏在三叉神经节，单纯疱疹病毒2型常隐匿于骶神经节。当机体免疫力下降时，病毒可被重新激活并沿神经轴突扩散至皮肤黏膜。
在免疫抑制患者中，单纯疱疹病毒可能存在于血液、脑脊液等体液中。艾滋病患者或器官移植受者可能出现病毒血症，严重者可发生疱疹性脑炎或播散性感染。
预防单纯疱疹病毒感染需避免接触患者皮损及体液，不与他人共用个人物品。出现反复发作的疱疹时，应保持患处清洁干燥，避免继发细菌感染。免疫力低下者可在医生指导下使用阿昔洛韦片、泛昔洛韦胶囊、伐昔洛韦颗粒等抗病毒药物进行预防性治疗。日常注意规律作息、均衡营养，有助于维持免疫功能稳定。
