严重的肺部真菌感染多数可以治愈，治疗方法包括抗真菌药物、支持治疗、手术清除病灶及基础疾病控制。实际预后与感染菌种、免疫状态、治疗时机等因素密切相关。
两性霉素B、伏立康唑、卡泊芬净等抗真菌药物是核心治疗手段，需根据药敏结果选择。肺曲霉病常用伏立康唑，隐球菌感染多联用两性霉素B与氟胞嘧啶。
氧疗维持血氧饱和度，支气管镜引流痰液，必要时机械通气。营养支持可改善免疫功能，白蛋白水平低者需补充优质蛋白。
肺空洞大出血或药物难治性病灶需手术切除，常见术式包括肺楔形切除术、肺叶切除术。术前需评估心肺功能储备。
控制糖尿病血糖，HIV感染者启动抗病毒治疗，长期用免疫抑制剂者需调整方案。粒细胞缺乏患者可考虑粒细胞集落刺激因子。
治疗期间需监测肝肾功能及药物浓度，保持环境清洁避免重复感染，恢复期进行呼吸康复训练改善肺功能。
