胃镜全麻通常安全可控，可能出现短暂头晕、恶心等轻微反应，严重并发症概率极低。主要风险包括麻醉过敏、呼吸抑制、误吸、心血管波动等。
丙泊酚等静脉麻醉药可能引起注射痛、头晕或短暂血压下降，一般检查结束后30分钟内自行缓解，无须特殊处理。
麻醉药物可能抑制呼吸中枢导致血氧下降，术中需持续监测氧饱和度，必要时通过面罩给氧或辅助通气。
胃内容物反流可能引发吸入性肺炎，术前严格禁食8小时可显著降低风险，全麻前需确认胃排空情况。
麻醉可能引起心率减慢或血压降低，严重心脏病患者需提前评估心功能，术中配备阿托品等急救药物。
检查后2小时内禁止驾车或精密操作，24小时内避免饮酒，出现持续呕吐或胸痛需立即就医。
