巧克力囊肿的疼痛可能由囊肿破裂、炎症反应、周围组织粘连、激素周期性刺激等原因引起，可通过药物控制、手术切除等方式缓解。
囊肿内陈旧血液突然外溢刺激腹膜，导致急性下腹痛，可能伴随恶心呕吐。需急诊就医评估是否需腹腔镜手术清理，可遵医嘱使用布洛芬、对乙酰氨基酚、曲马多等镇痛。
囊肿反复出血引发局部炎症介质释放，表现为持续性钝痛。建议热敷缓解，医生可能开具塞来昔布、双氯芬酸钠、地诺孕素等抗炎药物。
囊肿与盆腔器官粘连牵拉神经，常见性交痛或排便痛。需手术分离粘连组织，术后可短期使用亮丙瑞林、戈舍瑞林等GnRH-a类药物预防复发。
月经期雌激素升高促使囊肿充血肿胀，引发周期性剧痛。可口服短效避孕药如屈螺酮炔雌醇、去氧孕烯炔雌醇调节激素水平。
日常避免剧烈运动诱发囊肿破裂，经期加强腹部保暖，定期复查超声监测囊肿变化。
