衣原体与支原体是两种不同的病原微生物，主要区别在于细胞结构、致病特点、传播途径及治疗药物。
衣原体为专性细胞内寄生菌，具有不完整的细胞壁结构；支原体无细胞壁，是已知最小的可独立生存的原核生物。
衣原体主要引起沙眼、泌尿生殖道感染和肺炎；支原体常见导致非典型肺炎、尿道炎及盆腔炎，潜伏期通常更长。
衣原体通过直接接触、性接触或母婴垂直传播；支原体主要通过飞沫传播和性接触传播，儿童感染概率较高。
衣原体感染首选多西环素、阿奇霉素；支原体对β-内酰胺类抗生素天然耐药，常用克拉霉素、左氧氟沙星治疗。
两类感染均需规范用药，避免自行停药导致耐药性，治疗期间应避免性接触并加强个人卫生防护。
