化脓性扁桃体炎多数情况下不会遗留后遗症，但反复感染可能引发慢性扁桃体炎、扁桃体周围脓肿、中耳炎、风湿热等并发症。
反复化脓性感染导致扁桃体组织增生纤维化，表现为咽部异物感、低热，可通过扁桃体切除术治疗。
感染扩散至扁桃体周围间隙形成脓腔，伴随剧烈咽痛和张口困难，需穿刺引流联合抗生素治疗。
炎症经咽鼓管蔓延至中耳，出现耳痛和听力下降，可使用氧氟沙星滴耳液配合口服头孢克洛。
链球菌感染诱发自身免疫反应，可能损伤心脏瓣膜，需长期注射苄星青霉素预防复发。
急性期规范使用阿莫西林克拉维酸钾等抗生素可降低并发症风险，愈后避免辛辣食物刺激咽喉。
