真菌性肺部感染通常可以治愈，治疗方法包括抗真菌药物、基础疾病控制、免疫调节和支持治疗。预后与感染类型、患者免疫状态及治疗时机密切相关。
针对不同真菌选择特异性药物，如两性霉素B治疗侵袭性曲霉病，氟康唑用于念珠菌感染，伊曲康唑对组织胞浆菌病有效，需根据药敏结果调整方案。
控制糖尿病、HIV等基础疾病可改善预后。血糖稳定有助于增强抗真菌效果，HIV患者需同步进行抗病毒治疗。
中性粒细胞减少患者需使用粒细胞集落刺激因子，长期用激素者应逐步减量，必要时联合免疫增强剂改善防御功能。
氧疗纠正低氧血症，营养支持维持正氮平衡，支气管镜介入清除黏液栓，重症患者需呼吸机辅助通气。
治疗期间应定期复查胸部影像学，监测肝肾功能，避免接触霉变环境，糖尿病患者需加强血糖监测。
