严重肺部真菌感染多数情况下可以治疗，预后与感染菌种、基础疾病及治疗时机有关，主要治疗方式包括抗真菌药物、支持治疗、手术清创及免疫调节。
两性霉素B、伏立康唑、卡泊芬净等抗真菌药物是核心治疗手段，需根据药敏结果选择敏感药物，疗程通常持续数周至数月。
氧疗、支气管镜引流等可改善呼吸功能，重症患者可能需要机械通气，同时需纠正电解质紊乱等并发症。
对于局限性肺坏死或曲霉球，肺叶切除术可清除病灶，适用于药物治疗无效或大咯血患者。
合并免疫缺陷者需调整免疫抑制剂用量，HIV感染者需启动抗病毒治疗，粒细胞集落刺激因子可用于中性粒细胞缺乏患者。
治疗期间需监测肝肾功能及药物浓度，保持高蛋白饮食并避免接触霉变环境，糖尿病患者应严格控制血糖。
