多数情况下体积较小的睾丸囊肿无须手术，当囊肿直径超过3厘米或伴随疼痛等症状时建议手术干预。睾丸囊肿的处理方式主要有定期观察、药物治疗、穿刺抽液、手术切除。
无症状且直径小于1厘米的囊肿可每6-12个月超声复查，观察期间避免剧烈运动或会阴部外伤。
合并感染时可使用头孢克肟、左氧氟沙星等抗生素，疼痛明显者可短期服用布洛芬，所有药物均需在泌尿外科医师指导下使用。
适用于中等大小单纯性囊肿，在超声引导下抽取囊液后可能复发，操作后需加压包扎并预防性使用抗生素。
腹腔镜囊肿去顶术适用于持续增大或压迫精索的囊肿，开放手术则用于复杂病例，术后需留置引流管并监测睾丸血供。
日常应穿着宽松内裤减少摩擦，避免长时间骑行，若发现囊肿突然变硬或睾丸肿胀加剧应立即就医复查超声。
