先天性肛门畸形可以通过手术治疗改善功能，治疗效果与畸形类型、严重程度及手术时机密切相关，多数患儿经规范治疗可获得较好预后。
肛门成形术是主要治疗方式，根据畸形类型选择经会阴或腹腔镜手术，术后需定期扩肛防止狭窄。
术后需进行系统排便功能训练，包括定时排便、生物反馈治疗，帮助建立规律排便反射。
可能伴随直肠尿道瘘等并发症，需通过瘘管修补术等二次手术处理，术后需预防感染。
患儿需终身随访监测排便功能，部分病例成年后可能出现失禁，需通过骶神经调节等干预。
建议家长在新生儿期即完成肛门直肠超声等检查，术后注意保持会阴清洁，遵医嘱进行营养支持与康复训练。
