多数胎粪性肠梗阻患儿需手术治疗，少数可通过灌肠等非手术方式缓解。处理方式主要与梗阻程度、是否合并感染及患儿整体状况有关。
早期发现的单纯性梗阻可尝试高渗溶液灌肠，通过渗透压差促进胎粪排出，需在专业医师操作下重复进行。
经导管注入胰蛋白酶或乙酰半胱氨酸等溶解性药物，适用于胎粪粘稠度较高的病例，需配合胃肠减压使用。
存在肠坏死或穿孔时需紧急手术切除病变肠段并行临时造瘘，术后需密切监测水电解质平衡及营养支持。
病情稳定后二期行肠管吻合重建，合并囊性纤维化患儿需终身接受胰酶替代及呼吸道管理。
术后需定期随访生长发育情况，母乳喂养期间母亲应避免高脂饮食，患儿补充维生素AD制剂有助于肠道功能恢复。
