脑干炎多数情况下可以治愈，治疗效果与病因、病情严重程度、治疗时机等因素有关，主要治疗方法包括抗感染治疗、免疫调节治疗、对症支持治疗、康复治疗等。
病毒性脑干炎可遵医嘱使用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物，细菌感染需使用头孢曲松、青霉素等抗生素，同时需监测肝肾功能。
自身免疫性脑干炎需采用甲泼尼龙冲击治疗，重症患者可联合免疫球蛋白静脉注射，治疗期间需预防感染和骨质疏松等并发症。
针对吞咽困难需鼻饲营养支持，呼吸肌麻痹需机械通气，高热患者需物理降温，癫痫发作需使用丙戊酸钠等抗癫痫药物。
病情稳定后需早期进行吞咽功能训练、肢体运动康复、语言康复等综合干预，有助于神经功能恢复，减少后遗症发生。
脑干炎患者治疗期间需保证充足营养摄入，康复期可适当进行肢体被动活动，定期复查头部核磁共振评估病情变化，多数患者经规范治疗可获得较好预后。
