急性上呼吸道感染多数情况下不属于院内感染，但免疫功能低下患者或长期住院者可能因院内病原体感染发病。院内感染通常由耐药菌、侵入性操作、环境暴露、基础疾病等因素引起。
医院环境中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌等耐药菌可能导致上呼吸道感染，需进行病原学检查后使用阿莫西林克拉维酸、头孢呋辛、左氧氟沙星等药物治疗。
气管插管等操作可能破坏呼吸道屏障，增加肺炎链球菌感染风险，表现为发热伴脓痰，可选用阿奇霉素、克拉霉素或莫西沙星进行抗感染治疗。
住院期间接触被污染的空气调节系统可能感染军团菌，出现高热和肌肉酸痛，确诊后需使用红霉素或多西环素进行针对性治疗。
糖尿病患者或肿瘤患者因免疫力下降易发生真菌性上呼吸道感染，可表现为口腔白膜，需采用氟康唑或伊曲康唑等抗真菌药物。
住院患者出现持续发热或呼吸困难应及时进行血常规和胸部影像学检查，陪护人员需做好手卫生与防护措施。
