黑咖啡可能对胃肠产生轻微刺激或促进蠕动，但无法直接清除肠道毒素或治疗疾病。其作用机制主要涉及咖啡因刺激、胃酸分泌增加、肠道蠕动加快等生理反应。
咖啡因可促进胃壁细胞分泌胃酸，空腹饮用可能引发胃部灼热感，胃溃疡患者应避免。日常可搭配食物缓解刺激，胃病患者需遵医嘱使用抑酸药物如奥美拉唑、雷贝拉唑、铝碳酸镁。
咖啡因通过激活肠道神经丛促进结肠收缩，可能帮助缓解功能性便秘。长期依赖可能降低肠道敏感性，建议配合膳食纤维摄入，必要时使用乳果糖、聚乙二醇或益生菌调节。
咖啡因抑制肾小管重吸收水分，可能加重脱水风险。饮用后需补充足量水分，肾功能异常者应限制摄入，避免与利尿剂如呋塞米、氢氯噻嗪同时使用。
部分人群存在咖啡因代谢基因变异，可能导致心悸或腹泻。建议初次尝试少量饮用，肠易激综合征患者可选用低因咖啡，必要时使用蒙脱石散缓解症状。
饮用黑咖啡建议控制在每日1-2杯，避免空腹饮用并观察排便反应，持续胃肠不适需排查炎症性肠病等器质性疾病。
