大豆卵磷脂的副作用可能包括胃肠不适、过敏反应、激素水平波动及药物相互作用，多数情况下安全性较高。
过量摄入可能引发腹胀、腹泻等胃肠反应，建议控制每日摄入量在10克以内，敏感人群可选择分次服用。
大豆蛋白过敏者可能出现皮疹、呼吸困难等症状，需立即停用并就医，可选择向日葵卵磷脂作为替代。
大豆异黄酮可能干扰雌激素水平，乳腺疾病患者使用前应咨询医生，必要时监测激素水平变化。
与抗凝血药物联用可能增加出血风险，服用华法林等药物时须严格遵医嘱调整剂量。
建议从低剂量开始补充大豆卵磷脂，出现不适及时停用，特殊人群使用前应进行专业医疗评估。
