大肠水疗可能引发肠道菌群失衡、肠穿孔、电解质紊乱、感染等危害，操作不当还可能损伤肠黏膜。
过度冲洗会破坏肠道正常菌群平衡，导致消化功能紊乱，可能引发腹泻或便秘，需通过补充益生菌调节。
器械操作不当可能导致肠壁机械性损伤，严重时引发肠穿孔，需立即手术修复，表现为剧烈腹痛和腹膜刺激征。
大量液体灌洗会造成钠钾等电解质流失，可能诱发心律失常，需及时检测血液生化指标并静脉补充电解质。
消毒不彻底可能引入致病菌，导致肠道或全身感染，需使用抗生素治疗，常见症状包括发热和脓血便。
进行大肠水疗前应评估适应症，选择正规医疗机构，术后注意观察排便情况及体温变化，出现异常及时就医。
