复方氯己定含漱液可能引起口腔黏膜刺激、味觉改变、牙齿着色、过敏反应等副作用，需在医生指导下使用。
长期使用可能造成口腔黏膜干燥或灼烧感，与氯己定对黏膜的直接刺激有关。出现不适可暂停使用并用生理盐水漱口缓解。
约三成使用者可能出现味觉减退或金属味，主要因药物抑制味蕾功能。通常停药后可逐渐恢复，严重者需就医评估。
氯己定与牙面色素结合可能导致牙齿表面黄褐色沉积，尤其吸烟者更明显。建议使用后彻底漱口并配合专业洁牙。
少数患者可能出现唇部肿胀、皮疹等过敏症状，与辅料香精或药物成分相关。应立即停用并服用抗组胺药物如氯雷他定。
使用期间避免吞咽，儿童及孕妇应在医生指导下严格控制使用频次，定期口腔检查有助于及时发现不良反应。
