病毒性心肌炎可能遗留心律失常、心功能减退等后遗症，严重程度与心肌损伤范围、治疗时机等因素相关。
病毒侵犯心肌细胞可能导致传导系统异常，表现为早搏、房室传导阻滞等，需通过动态心电图监测评估，必要时使用胺碘酮、美托洛尔等药物控制。
广泛心肌炎症后可出现心室收缩功能下降，表现为活动后气促、乏力，可通过心脏超声确诊，轻症者限制体力活动，重症需长期服用沙库巴曲缬沙坦等改善心功能药物。
部分患者心肌组织修复过程中形成纤维瘢痕，可能影响心脏舒张功能，核磁共振检查可明确诊断，目前无特效药物，以控制原发病为主。
少数患者炎症持续超过3个月转为慢性，需免疫抑制剂如泼尼松联合抗病毒治疗，定期监测心肌酶谱和心脏功能指标。
康复期应避免剧烈运动，保证优质蛋白和维生素摄入，每3-6个月复查心脏超声和24小时心电图，出现心悸加重或下肢水肿需及时就诊。
