有痛肠镜检查通常会有一定不适感，但多数人可以耐受。检查过程中的疼痛程度主要与肠道弯曲度、个人耐受性、医生操作技巧、肠道准备情况等因素有关。
乙状结肠和直肠交界处等生理弯曲部位可能因肠镜通过时牵拉肠壁产生胀痛，检查前可通过改变体位缓解不适。
对疼痛敏感者可能出现较强痛感，检查前可与医生沟通，通过深呼吸放松腹部肌肉减轻反应。
经验丰富的医师能通过注气调节和手法旋转减少肠管牵拉，降低检查时的不适程度。
未按规范进行肠道清洁可能导致视野不清，增加操作时间和不适感，需严格遵医嘱服用清肠剂。
检查后建议适量补充温盐水，两小时内避免进食，出现持续腹痛或便血需立即就医。
