蜂蜜一般没有绝对相克的食物，但某些搭配可能影响营养吸收或引起不适。
蜂蜜与葱蒜类食物同食可能产生轻微刺激反应，部分人群可能出现胃肠不适。蜂蜜与生豆浆混合可能影响蛋白质吸收，导致消化不良。蜂蜜与韭菜搭配可能加速肠道蠕动，敏感者易出现腹泻。蜂蜜与高糖食物如砂糖同时大量摄入，可能引起血糖波动。蜂蜜与温度超过60度的热水冲泡会破坏部分活性酶成分。
日常食用蜂蜜建议单独冲泡温水，水温控制在40度以下能最大限度保留营养成分。搭配面包时可选择全麦类食品，避免与高油脂糕点同食加重消化负担。特殊体质人群如糖尿病患者应严格控制摄入量，婴幼儿不宜食用未经杀菌处理的蜂蜜。储存时应置于阴凉干燥处，避免阳光直射导致发酵变质。出现过敏反应应立即停用并就医检查。
