先天性巨结肠症的预后通常较好，多数患儿通过手术治疗后可恢复正常排便功能，预后效果主要与病变肠段长度、手术时机、术后护理、并发症控制等因素相关。
1、病变肠段长度
病变肠段越短预后越好，局限于直肠乙状结肠的患儿术后排便功能恢复更理想。
2、手术时机
早期诊断和6月龄前完成根治手术的患儿，肠道神经发育可更好代偿。
3、术后护理
规范的扩肛训练和排便习惯培养能显著改善肛门括约肌功能。
4、并发症控制
及时处理小肠结肠炎等并发症可避免肠道功能进一步受损。
术后需定期随访评估生长发育情况，配合膳食纤维补充和腹部按摩等康复措施。
