食管粘膜异位多数情况下无法自愈，但症状轻微者可暂时观察。食管粘膜异位的处理方式主要有定期复查、药物治疗、内镜下治疗、手术治疗。
对于无症状或症状轻微的食管粘膜异位，建议每6-12个月进行胃镜复查，观察病变范围是否扩大或出现并发症。
伴有反酸、烧心等症状时可使用抑酸药物，如奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑等质子泵抑制剂，也可配合铝碳酸镁等粘膜保护剂。
对于局限性的异位粘膜，可采用内镜下射频消融、氩离子凝固术等微创治疗方法，创伤小且恢复快。
病变范围广泛或合并严重并发症如狭窄、出血时，需考虑外科手术切除，常见术式包括食管部分切除术、粘膜剥离术等。
日常应避免辛辣刺激食物，戒烟限酒，保持规律饮食，出现吞咽困难、胸痛等症状加重时需及时就医。
