肾囊肿多数情况下不会自行消退，但部分单纯性肾囊肿可能长期稳定无变化。肾囊肿的处理方式主要有观察随访、药物治疗、穿刺引流、手术治疗。
体积较小的单纯性肾囊肿若无症状，通常建议每6-12个月复查超声监测变化，无须特殊干预。
合并感染时可遵医嘱使用头孢呋辛、左氧氟沙星等抗生素，疼痛明显者可短期服用对乙酰氨基酚缓解症状。
直径超过5厘米且有压迫症状的囊肿，可在超声引导下穿刺抽液并注射硬化剂，但存在复发可能。
对于反复感染、出血或疑似恶变的复杂囊肿，需行腹腔镜囊肿去顶术或肾部分切除术等外科处理。
日常应避免剧烈运动撞击腰部，控制血压血糖，每年定期体检监测囊肿变化，出现腰痛血尿等症状及时就医。
