直肠给药的弊端主要有局部刺激、吸收不稳定、操作不便、心理排斥等。
药物成分可能刺激直肠黏膜，导致灼烧感或疼痛，部分患者可能出现肛门瘙痒或轻度出血，需避免使用刺激性药物如阿司匹林栓剂。
受排便活动、直肠内容物影响，药物吸收速率波动较大，尤其脂溶性药物如吲哚美辛栓可能出现血药浓度不稳定。
需要清洁肛门并保持特定体位，老年或行动不便者操作困难，栓剂融化时可能发生渗漏污染衣物。
部分患者因隐私顾虑或文化因素抗拒直肠给药，儿童可能因恐惧抗拒治疗，需心理疏导配合缓释剂型如对乙酰氨基酚栓。
直肠给药期间应保持清淡饮食，避免久坐摩擦，出现持续不适需及时就医调整给药方案。
