肾萎缩通常难以完全恢复，但可通过控制病因、延缓进展等方式改善。肾萎缩的处理方式主要有病因治疗、药物干预、透析支持、肾移植等。
高血压或糖尿病等基础疾病导致的肾萎缩需严格控制血压血糖。患者需定期监测肾功能，使用降压药如缬沙坦或降糖药如二甲双胍。
慢性肾病引起的萎缩可使用肾保护药物，如阿魏酸哌嗪片改善微循环，或尿毒清颗粒辅助排毒。可能伴随水肿或电解质紊乱症状。
终末期肾萎缩患者需血液透析或腹膜透析替代肾功能。透析可缓解尿毒症症状，但无法逆转已萎缩的肾脏结构。
对于双侧肾萎缩伴功能衰竭者，移植健康肾脏是唯一根治手段。术后需长期服用免疫抑制剂如他克莫司预防排斥反应。
肾萎缩患者应低盐低蛋白饮食，避免肾毒性药物，定期复查肾功能指标与肾脏超声。
