苯丙酮尿症目前无法完全治愈，但可通过早期干预和终身饮食管理控制病情发展。治疗方法主要包括低苯丙氨酸饮食、特殊配方奶粉、药物辅助及定期监测。
严格限制苯丙氨酸摄入是核心治疗手段，需终身使用特殊配方奶粉替代普通蛋白质，避免肉类、蛋类等高蛋白食物，同时保证其他营养素均衡。
部分患者可配合沙丙蝶呤等药物降低血苯丙氨酸浓度，但需根据基因检测结果判断药物敏感性，用药期间须密切监测血液指标变化。
定期检测血苯丙氨酸水平及生长发育指标，通过营养师动态调整饮食方案，预防智力损伤、癫痫等并发症。
目前处于研究阶段的新型疗法如酶替代治疗、基因编辑技术可能带来突破，但尚未应用于临床常规治疗。
新生儿筛查确诊后立即开始治疗可达到接近正常人的发育水平，建议患者终身在代谢病专科随访，孕期女性需特别加强血值监控。
