支气管镜检查通常会比胃镜检查更为不适，但具体感受因人而异，主要取决于患者的耐受能力和医生操作手法。
支气管镜需经鼻腔或口腔进入气管和支气管，检查过程中可能出现明显呛咳、窒息感和喉咙异物感，部分患者因刺激会有短暂的血氧下降；而胃镜主要途经咽喉-食管-胃，不适感集中在通过咽喉时的恶心干呕和胃部充气胀痛。
两种检查均可能使用局部麻醉减轻痛苦，支气管镜在特殊情况下可考虑全麻下进行；医生技术娴熟能缩短操作时间并减少损伤，检查前配合呼吸训练或服用祛泡剂等准备措施也能缓解不适。
检查前4-6小时需严格禁食，提前摘除假牙等物品；完成检查后2小时内避免进食饮水以防误吸，出现持续胸痛、呕血或呼吸困难应立即就医。术后选择温凉流质饮食，避免刺激性食物加重黏膜损伤。
