基孔肯雅病毒可能引发慢性关节疼痛等后遗症，但多数患者会在数周至数月内完全康复。慢性症状主要与年龄较大、基础疾病、关节炎病史、免疫状态低下等因素相关。
老年患者关节组织修复能力较弱，病毒引发的炎症反应更易转为慢性，表现为持续数月的关节肿胀和晨僵，可遵医嘱使用塞来昔布、双氯芬酸钠、甲氨蝶呤等药物缓解症状。
糖尿病、高血压等慢性病患者血管内皮功能受损，可能加重病毒对关节滑膜的损害，治疗需在控制原发病基础上联合物理治疗和抗炎药物。
既往有类风湿性关节炎或骨关节炎者，病毒感染可能诱发原有疾病活动，需风湿免疫科评估后使用羟氯喹、柳氮磺吡啶等免疫调节剂。
艾滋病或长期使用免疫抑制剂患者清除病毒能力下降，可能导致持续性关节症状，必要时需调整免疫治疗方案并联合康复训练。
急性期过后建议保持适度关节活动，饮食注意补充维生素D和钙质，若症状持续超过3个月需至感染科或风湿科复诊评估。
