预防基孔肯雅热需采取防蚊灭蚊、环境清洁、个人防护和疫苗接种等综合措施，主要通过阻断蚊媒传播途径实现。
清除家中及周边积水容器，使用蚊帐、电蚊拍，必要时喷洒氯菊酯类杀虫剂。伊蚊多在白天活动，外出需特别注意。
定期疏通下水道，清理废弃轮胎、花盆等积水点。社区需统一消杀蚊虫滋生地，尤其雨后要及时处理积水。
穿浅色长袖衣裤，涂抹避蚊胺驱蚊剂。旅行时选择有纱窗空调的住所，避免丛林、水边等蚊虫密集区域活动。
高危地区居民或旅行者可接种减毒活疫苗，疫苗保护率较高但需提前规划接种时间。孕妇及免疫缺陷者慎用。
发病流行季节避免前往疫区，出现突发高热、关节痛症状应及时就诊并告知旅行史，确诊后需隔离至退热后5天。
