杞菊地黄丸副作用主要包括胃肠不适、过敏反应、肝肾功能异常及药物相互作用，通常与个体差异或用药不当有关。
部分患者服药后可能出现腹胀、腹泻等胃肠反应，与方中熟地黄滋腻碍胃有关。症状轻微者可饭后服用，持续不适需停药就医。
体质敏感者可能出现皮疹、瘙痒等过敏症状，多由枸杞子、菊花等成分引发。应立即停用并遵医嘱抗过敏治疗。
长期大剂量服用可能加重肝肾代谢负担，表现为尿色加深或转氨酶升高。慢性病患者用药期间须定期监测肝肾功能。
与降糖药、利尿剂联用可能影响药效，与滋补类中药同服易导致成分过量。联合用药前应咨询医师。
服药期间避免辛辣油腻饮食，出现严重副作用应及时停药并就诊，阴虚火旺者慎用本药。
