传染性单核细胞增多症多数情况下属于自限性疾病，严重程度与并发症发生概率相关，主要影响因素有年龄、免疫状态、是否合并肝脾肿大或溶血性贫血等。
儿童及青少年感染后症状较轻，表现为发热、咽痛等典型三联征，通常2-4周自愈，无须特殊治疗。
免疫功能正常者预后良好，免疫功能低下患者可能出现持续性发热、全身淋巴结肿大，需密切监测血常规变化。
约90％患者出现肝功能异常，表现为转氨酶升高，极少数进展为肝炎，需限制活动并给予护肝治疗，可使用复方甘草酸苷、双环醇或多烯磷脂酰胆碱。
严重并发症包括溶血性贫血或血小板减少，可能与EB病毒直接破坏血细胞有关，需输注成分血或使用糖皮质激素治疗。
患病期间应保持充足休息，避免剧烈运动以防脾破裂，饮食选择易消化的流质食物，恢复期定期复查外周血异型淋巴细胞比例。
