肛门用药退烧可能出现局部刺激、过敏反应、肠道菌群紊乱、药物吸收异常等副作用，需严格遵医嘱使用。
栓剂基质或药物成分可能刺激直肠黏膜，表现为肛门灼热感或疼痛，可改用对乙酰氨基酚口服制剂。
部分人群对栓剂中的基质成分过敏，可能出现肛周皮疹或瘙痒，需立即停用并更换为布洛芬混悬液。
频繁使用抗菌类栓剂可能破坏肠道正常菌群，引发腹泻症状，必要时可配合双歧杆菌三联活菌散调节。
腹泻或直肠炎症患者可能出现药物吸收不完全，影响退烧效果，建议改用吲哚美辛栓前评估肠道状态。
使用退热栓剂期间应监测体温变化，避免与其他退烧药联用，出现血便或持续腹痛需立即就医。
