碘甘油可能引起局部刺激、过敏反应、甲状腺功能异常及黏膜损伤等副作用，使用需遵医嘱。
高浓度碘甘油可能引发涂抹部位红肿、灼烧感，轻微症状可停用观察，严重时需用生理盐水冲洗并就医。
对碘过敏者可能出现皮疹、瘙痒甚至呼吸困难，应立即停药并口服氯雷他定等抗组胺药物，严重时需急诊处理。
长期过量使用可能干扰甲状腺功能，表现为心悸或体重异常，需监测甲状腺激素水平，必要时使用甲巯咪唑调节。
口腔黏膜反复接触可能导致溃疡，建议改用康复新液含漱促进愈合，避免与其他消毒剂联用。
使用碘甘油期间出现异常应及时停药，避免接触眼睛及破损皮肤，儿童孕妇等特殊人群应在医生指导下使用。
