鼻窦囊肿多数情况下可能自行消失，少数需要医疗干预。鼻窦囊肿的处理方式主要有观察等待、药物治疗、手术治疗、定期复查。
体积较小的鼻窦囊肿可能随鼻腔分泌物排出或自行吸收消失，建议每3-6个月复查鼻窦CT评估变化。
合并感染时可使用克拉霉素缓释片、桉柠蒎肠溶软胶囊、糠酸莫米松鼻喷雾剂控制炎症，可能与细菌感染或过敏反应有关，常伴随鼻塞和头痛。
直径超过10毫米或引发严重症状的囊肿需行鼻内镜下囊肿切除术或上颌窦开窗术，可能与解剖异常或慢性炎症有关，可能出现面部胀痛和嗅觉减退。
无症状囊肿建议每年进行鼻内镜或影像学检查，囊肿增大或出现新症状需及时就诊。
日常避免用力擤鼻及鼻腔刺激，保持环境湿度，过敏体质者需远离过敏原并加强鼻腔冲洗。
