益生菌并非适合所有人群，免疫功能低下者、严重肠道疾病患者、中心静脉导管使用者及短肠综合征患者应避免服用。益生菌可能引起菌血症、加重原发病或干扰营养吸收。
艾滋病患者、化疗期间肿瘤患者等因免疫力受损，服用益生菌可能引发机会性感染。建议此类人群通过医生指导的免疫调节方案替代微生物制剂。
活动期克罗恩病、溃疡性结肠炎患者肠道屏障受损，益生菌可能穿透肠壁进入血液。治疗需以抗炎药如美沙拉嗪为主，避免使用活菌制剂。
长期留置导管患者存在菌血症风险，益生菌可能通过导管定植。此类人群应严格保持导管无菌，必要时遵医嘱使用预防性抗生素。
小肠大面积切除患者消化吸收功能受限，益生菌可能竞争稀缺营养。营养支持应以要素型肠内营养剂为主，避免添加益生菌制品。
健康人群使用益生菌也需注意菌株特异性，建议选择双歧杆菌等安全性较高的菌种，出现腹胀腹泻等不适时应立即停用并咨询医生。
