小茴香具有药用功效，其种子可入药，主要有温肾散寒、理气止痛、和胃止呕等作用，常用于治疗寒疝腹痛、脘腹胀满、食少吐泻等症状。
小茴香性温味辛，归肾经，能温补肾阳、散寒止痛。肾阳虚衰导致的腰膝冷痛、夜尿频多，可配伍肉桂、附子等药物增强疗效。
小茴香所含挥发油能促进胃肠蠕动，缓解胃肠胀气。对于寒凝气滞引起的胃脘胀痛、疝气疼痛，常与木香、乌药同用。
小茴香挥发油成分可抑制胃肠道平滑肌痉挛，改善功能性消化不良。妊娠呕吐或化疗后呕吐，可配合生姜、半夏使用。
小茴香提取物对金黄色葡萄球菌等致病菌有抑制作用。外用可辅助治疗皮肤感染，常制成洗剂或膏剂使用。
使用小茴香需注意阴虚火旺者慎用，药用时建议在中医师指导下配伍使用，避免过量引发口干、咽痛等不良反应。日常可少量加入膳食调味。
