木瓜可以搭配肉类烹饪。木瓜中的蛋白酶有助于软化肉质，适合与鸡肉、牛肉、猪肉、鱼肉等搭配，也可搭配山楂、菠萝、猕猴桃等酸性水果提升风味。
木瓜炖鸡肉能减少肉质纤维感，蛋白酶可分解蛋白质使肉质更嫩滑，适合制作汤品或焖煮类菜肴。
木瓜与牛肉同煮可加速结缔组织分解，缩短烹饪时间，建议选择青木瓜或未完全成熟的木瓜蛋白酶含量更高。
搭配猪排骨或里脊肉时，木瓜的酵素能中和油脂感，烹饪时可加入姜片去腥提鲜。
木瓜适合与白肉鱼如鲈鱼、鳕鱼蒸制，果香能掩盖鱼腥味，但需控制烹饪时间避免鱼肉过散。
建议选择成熟度适中的木瓜烹饪，胃肠功能较弱者应控制食用量，避免与高蛋白食物同餐过量摄入蛋白酶。
