多数甲状腺囊肿无须手术治疗，仅有囊肿过大压迫气管、影响美观或存在恶性风险时需要手术干预。治疗方法主要有观察随访、超声引导下抽吸硬化、射频消融术、手术切除。
直径小于3厘米且无压迫症状的囊肿可每6-12个月复查超声，监测囊肿变化。
超声引导下穿刺抽液并注射硬化剂，适用于单纯性囊液潴留，复发概率约20％。治疗前需排除囊内出血或感染。
通过热能使囊壁组织凝固坏死，适用于实性成分占比低的中小型囊肿，术后3个月吸收率达70％。可能出现短暂声音嘶哑。
适用于直径超过5厘米造成呼吸困难，或超声提示恶性特征者。手术方式包括患侧甲状腺部分切除或腺叶切除。
确诊甲状腺囊肿后应避免颈部受压，定期复查甲功及超声，合并甲亢时需限制海带等高碘食物摄入。
