病毒性脑炎治好后多数情况下不会复发，复发概率较低，但免疫功能低下、病毒潜伏感染、治疗不彻底等因素可能增加风险。
艾滋病、长期使用免疫抑制剂等导致免疫力下降时，可能再次感染病毒或激活潜伏病毒。需定期监测免疫功能，必要时遵医嘱使用免疫调节药物如胸腺肽、干扰素、丙种球蛋白。
单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等可长期潜伏于神经节，免疫力下降时可能重新激活引发脑炎。抗病毒治疗需足疗程，常用阿昔洛韦、更昔洛韦、膦甲酸钠等药物。
急性期抗病毒治疗不足可能导致病毒清除不完全。需严格完成医嘱疗程，配合糖皮质激素如地塞米松、甲泼尼龙减轻炎症反应，并监测脑脊液指标。
再次接触其他嗜神经病毒如肠道病毒、流行性乙型脑炎病毒可能引起新发感染。预防措施包括接种疫苗、避免蚊虫叮咬、注重手卫生。
康复后建议保持规律作息、均衡饮食，避免过度劳累，出现头痛发热等异常症状及时复查脑电图或头颅MRI。
