慢性肾盂肾炎多数情况下可以控制症状并延缓进展，但完全治愈概率较低。治疗效果与感染控制、肾功能保护、并发症管理、个体差异等因素有关。
规范使用抗生素是治疗核心，常用药物包括左氧氟沙星、头孢曲松、阿莫西林克拉维酸钾等，需根据尿培养结果调整用药，疗程通常较长。
控制高血压和蛋白尿是关键，可能使用血管紧张素转换酶抑制剂或血管紧张素受体阻滞剂类药物，同时需定期监测肌酐和估算肾小球滤过率。
需处理尿路梗阻、膀胱输尿管反流等诱因，严重者可能需手术矫正，合并肾结石时需体外冲击波碎石或经皮肾镜取石。
治疗效果受基础疾病、免疫状态、治疗依从性影响，糖尿病等慢性病患者预后相对较差，需长期随访。
建议低盐优质蛋白饮食，每日饮水量保持2000毫升左右，避免憋尿和会阴部感染，定期复查尿常规和肾功能指标。
