病毒性脑干脑炎可能引发脑水肿、呼吸衰竭、脑神经损伤、癫痫发作等潜在并发症，严重时可危及生命。
炎症反应导致脑组织液体异常积聚，可能引发颅内压升高，表现为头痛、呕吐或意识障碍。需通过脱水剂如甘露醇、呋塞米等药物降低颅压。
脑干呼吸中枢受累可能导致呼吸节律紊乱，需密切监测血氧饱和度，必要时进行机械通气支持治疗。
病毒侵袭可造成动眼神经、面神经等脑神经功能障碍，出现复视、面瘫等症状，需营养神经药物如甲钴胺配合康复训练。
脑实质异常放电可能诱发全身性或局灶性癫痫，可选用丙戊酸钠、左乙拉西坦等抗癫痫药物控制发作。
患者应保持卧床休息，急性期密切监测生命体征，恢复期可进行吞咽功能训练及肢体康复锻炼，定期复查脑电图评估预后。
