奶昔本身并非疾病原料，但若使用变质或受污染的食材制作奶昔，可能引发胃肠不适或食源性疾病。常见的风险因素包括变质乳制品、未洗净的水果、受污染的水源等。
制作奶昔时若使用过期牛奶、霉变水果或未经消毒的原料，可能含有大量致病菌如沙门氏菌、大肠杆菌。这些微生物会导致腹痛、腹泻、呕吐等急性胃肠炎症状，免疫力低下人群可能出现更严重的感染。部分人群对乳糖或特定水果过敏，误食后可能引发皮肤瘙痒、呼吸困难等过敏反应。使用未彻底清洗的果蔬可能残留农药或寄生虫卵，长期摄入可能对肝脏、神经系统造成损害。工业加工奶昔若添加剂超标或储存不当，可能引起慢性健康风险。
建议选择新鲜食材制作奶昔，乳制品需冷藏保存并在保质期内使用。水果应充分冲洗并去除腐烂部分，过敏体质者需确认原料安全性。自制奶昔建议现做现饮，商业产品需检查包装完整性。出现持续腹痛、发热等症状应及时就医，婴幼儿、孕妇及免疫缺陷者更需谨慎。
