木瓜通常不能直接杀死人体内的寄生虫，但木瓜中的木瓜蛋白酶可能对某些寄生虫有辅助抑制作用。寄生虫感染需通过规范药物治疗才能彻底清除。
木瓜蛋白酶是一种天然酶类物质，在体外实验中显示对蛔虫、绦虫等寄生虫的体表蛋白有一定分解作用。新鲜木瓜果实和木瓜叶提取物在传统医学中曾被用于驱虫，但其实际效果有限。日常食用木瓜时，消化道环境会显著降低木瓜蛋白酶的活性，难以达到驱虫所需的浓度和作用时间。轻度寄生虫感染可能出现腹痛、腹泻、营养不良等症状，重度感染可能导致肠梗阻、胆道阻塞等并发症。
对于确诊的寄生虫感染，临床主要使用阿苯达唑片、甲苯咪唑片、吡喹酮片等驱虫药物。这些药物能针对性干扰寄生虫代谢或破坏其体壁结构，用药后寄生虫会随粪便排出体外。驱虫治疗期间可适量食用木瓜等富含蛋白酶的水果，但须与服药时间间隔2小时以上，避免影响药效。特殊人群如孕妇、肝肾功能异常者使用驱虫药物前需严格评估风险。
预防寄生虫感染需注意饮食卫生，生食瓜果蔬菜前应充分清洗，肉类和水产品须彻底煮熟。接触土壤或宠物后要及时洗手，儿童玩耍后尤其要注意手部清洁。在寄生虫病高发地区，建议定期进行粪便寄生虫检查。若出现长期腹痛、粪便异常或消瘦等症状，应及时就医进行病原学诊断，避免盲目依赖食物驱虫延误治疗。
