无痛胃肠镜对身体通常没有显著危害，少数情况下可能出现麻醉相关风险或检查并发症。
无痛胃肠镜在静脉麻醉下进行，患者处于睡眠状态无痛苦感。麻醉药物代谢快，检查后数小时即可完全清醒。常规操作中，内镜器械对胃肠黏膜的机械刺激轻微，专业医生操作时穿孔、出血等并发症概率极低。检查前需评估心肺功能，血压血糖稳定者耐受性良好。
对麻醉药物过敏或有严重心肺疾病者可能出现呼吸抑制、心律失常等风险。术前禁食不足可能引发误吸，长期服用抗凝药者活检后出血概率略高。急性肠梗阻、消化道穿孔等急症状态下禁止检查。
建议选择正规医疗机构检查，术前如实告知用药史和过敏史。术后两小时内禁食禁水，24小时内避免驾驶和高空作业。出现持续腹痛、呕血或便血需立即就医。
